Năm 1893, sách hướng dẫn của Baedeker gọi Harvard là "học viện lâu đời nhất, giàu nhất, và nổi tiếng nhất ở Mỹ." Hai chi tiết đầu đến nay vẫn còn chính xác; nhưng chi tiết thứ ba thì đang bị tranh cãi.[55] Đến năm 2007, Harvard vẫn đứng đầu trong tất cả bảng xếp hạng các viện đại học trên thế giới của THES-QS University Rankings,[56] và Academic Ranking of World Universities. Năm 2007, tờ U.S. News & World Report cũng xếp Harvard đầu bảng "các viện đại học trong nước".[57]

Tuy nhiên, Harvard cũng là mục tiêu của không ít chỉ trích, bị phê phán về tình trạng "lạm phát điểm số" giống các cơ sở giáo dục đại học khác.[58] Sau những chỉ trích từ các phương tiện truyền thông, Harvard hạn chế hạng danh dự từ 90% trong năm 2004 xuống còn 60% năm 2005, và tỏ ra chọn lọc hơn khi chỉ ban tặng các danh hiệu danh dự "John Harvard Scholar" cho nhóm 5% sinh viên đứng đầu lớp và "Harvard College Scholar" cho nhóm 5% kế cận – với điểm trung bình tối thiểu là 3.8.[59][60][61][62] Quỹ Carnegie Thúc đẩy Hoạt động Giảng dạy, tờ The New York Times, và một số sinh viên lên tiếng chỉ trích Harvard đã phụ thuộc vào các trợ giảng trong một số môn học trong chương trình cử nhân; theo họ, điều này sẽ ảnh hưởng xấu đến chất lượng đào tạo.[63][64] Một bài viết đăng trên tờ New York Times cho thấy tình trạng này cũng phổ biến tại một số viện đại học thuộc Liên đoàn Ivy.

Tờ Globe cho đăng kết quả khảo sát của Consortium on Financing Higher Education (COFHE) đối với 31 viện đại học hàng đầu,[65] trình bày những vấn đề như tính sẵn sàng của ban giảng huấn, chất lượng giảng dạy, chất lượng tham vấn, đời sống xã hội ở trường học, và tình cảm cộng đồng kể từ năm 1994. Tờ Harvard Crimson cũng đưa ra những phê phán tương tự.[66][67] Theo trích dẫn của Harvard Crimson, Hiệu trưởng Trường Đại học Harvard là Benedict Gross tỏ ra quan tâm đến các vấn đề COFHE đã nêu, và hứa sẽ cải thiện tình hình.[68] Cựu viện trưởng Viện Đại học Harvard là Larry Summer nhận xét, "Tôi nghĩ vấn đề quan trọng duy nhất là mối quan hệ giữa ban giảng huấn và sinh viên, chúng ta đã để quá nhiều sinh viên cao học tham gia giảng dạy. Các lớp học quá đông đến nỗi giảng viên không biết tên sinh viên. Ít người có cơ hội trải nghiệm phương pháp học tập tích cực như vào phòng thí nghiệm, thảo luận trong lớp, đối thoại tại các hội nghị chuyên đề, hoặc làm việc theo nhóm trong văn khố."[69]